本科・研究科学生及び教職員の保健については、健康保持のため各種健康診断等を行い、適時適切な保健指導を実施するとともに「こころ」と「からだ」の健康相談も行っています。

一方、医療については、病気やケガの際には医務室において診療を行い、必要に応じて校外の医療機関にも診察を委託しています。なお、本科学生及び自衛官の医療費は、防衛省医療機関では全額国費をもって支払われています。